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Le 3 mars 1884, il fut nommé membre de la Société géologique de
France, et le 31 décembre de la même année, le ministère de l’Instruction
publique le nomma membre de la commission de l’exploitation
scientifique de la Tunisie. De mars à juin 1885, il y explora la
région Sud, faisant l’importante découverte des gisements de
phosphates le 18 avril, dans les gorges de l'Oued Selja, non loin de
Metlaoui. Il fit une nouvelle campagne d’exploration de
cette même région d’avril à juillet 1886.
A partir de 1887, des distinctions et autres décorations lui furent
attribuées en grand nombre : officier d’académie en juin
1887 ; correspondant du muséum d’histoire naturelle en janvier
1891 ; grand cordon du Nicham Iftikhar le 23 avril 1899 après en
avoir été officier en mars 1891 puis commandeur en mars 1892 ; Légion d’honneur (chevalier en juillet 1891 et officier en décembre
1899) ; vétérinaire commandant en novembre 1891, il devint
vétérinaire principal de première classe en octobre 1895 ; la
médaille d’or de la société nationale d’Agriculture lui fut
attribuée en juillet 1892, et celle de la Société de Géologie de
France en mai 1904 ; il fut fait officier du mérite agricole en
avril 1901.
Le 28 avril 1899 il reçut le télégramme officiel
suivant :" Le ministre des Travaux publics (M. Krantz) et
le résident de France à Tunis, inaugurant la liaison ferrée de Sfax
à Gafsa, sont heureux de vous adresser, après visite des gisements de
phosphates dont la découverte vous est due, les félicitations et l’expression
de la gratitude du gouvernement français et du gouvernement tunisien.
Votre nom restera étroitement associé à l’ère de prospérité qui
s’ouvre pour cette région. Son Altesse le Bey a bien voulu, à cette
occasion, vous conférer le grand cordon de l’ordre du Nicham Iftikhar. "
Le 20 février 1899 la municipalité de Sfax donna le nom de Philippe Thomas
à une de ses rues. Après son décès à Moulins, ville où il avait
pris sa retraite, ses obsèques y furent célébrées dans la
cathédrale le 15 février 1910. Les Sfaxiens lui rendirent très
rapidement hommage puisque le monument à sa mémoire fut inauguré le
26 avril 1913.
Ayant été épargné par les bombardements alliés
pendant la Deuxième Guerre mondiale, le buste en fut mis à bas la
même nuit que celui de Paul Bourde. Les morceaux qui furent
récupérés sont maintenant exposés dans une salle spéciale
consacrée à Philippe Thomas au centre d’Instruction du service
biologique et vétérinaire des Armées à Compiègne.
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